Geboren am 8.Julie 1986 in New York. Seine Mutter Patricia ist Angestellter der Krankenhausverwaltung. Sein Vater Michael Weatherly,Sr. Ehemaliger Broadway Produzent hat mit dem Import von Schweizer Armee Messern Millionen verdient. Micheal, Jr. wuchs mit fünf Schwestern und einem Bruder in Fairfield/Connecticut auf und ging durch seine Leidenschaft zum Fussball spielen auf ein Internat, die Fairfield Country Day School.

Dannach besuchter er die Boston University, die American University in Washington DC, bevor er für ein Semester auf die American University in Paris ging und danach die Menlo University besuchte.

Um seine Schauspielkarriere zu starten verliess er die Uni und wurde deshalb auch von seinem Vater enterbt. Um über die Runden kommen zu können arbeitete er in einer Bücherei, spielte in einer Band Gitarre und Klavier, schrieb Songs, verkaufte Schuhe und lieferte Pizzen aus.

1995 heiratet er die Schauspielerin Amelia Heinle, im Januar 1996 wurde sein Sohn August Manning Weatherly geboren und ein weiteres Jahr später war er schon wieder geschieden. Derzeit hat Michael 11 Geschwister (1 Bruder und 10 Halb-/Stiefgeschwister). Im Jahre 2000 lernte er bei den Dreharbeiten von "Dark Angel", Jessica Alba kennen mit der er von Mai 2001 bis Juli 2003 verlobt war. Trotz ihrer Trennung 2003 sind sie noch immer gute Freunde.